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Jan Schütte wurde 1957 in Mannheim geboren. Nach dem Abitur und einer Reise durch die Sowjetunion, Japan und China studierte er Literatur, Philosophie und Kunstgeschichte in Tübingen, Zürich und Hamburg.
Mit sechzehn begann er als Fotoreporter verschiedener Tageszeitungen für den Sportteil zu arbeiten, 1979 dann als Reporter für verschiedene regionale Fernsehmagazine. Seit 1982 dreht er eigene Filme. Er begann seine Arbeit mit vier kurzen Dokumentarfilmen: Ugge Bärtle – Bildhauer 1982, Da ist nirgends nichts gewesen hier 1983, Eigentlich wollte ich ja nach Amerika 1984 sowie Drachenfutter I 1985.
Für seine Spiel- und Dokumentarfilme erhielt Jan Schütte zahlreiche nationale und internationale Preise, u.A.: Premio Cinecritica Venedig, Prix Francois Truffaut, Deutscher Kritikerpreis, Preis der deutschen Filmkritik, Grimmepreis, Preis der CICAE, Bundesfilmband in Silber, Bayerischer Filmpreis etc.
Schütte war zwei Jahre lang im Vorstand des Hamburger Filmbüros. Seit 1994 unterrichtet er Filmregie an der Filmakademie Baden-Württemberg in Ludwigsburg. In den Jahren 2000 und 2008 unterrichtete er als Visiting Professor am Dartmouth College, Hanover N.H. (USA). Seit 2001 leitet er gemeinsam mit Peter Sehr die Masterclass/LAtelier in Ludwigsburg und Paris. Im Jahr 2005/2006 war Jan Schütte Gastprofessor am Institut für Visual and Enviromental Studies der Harvard University in Cambridge/Massachusetts.
2002 war Jan Schütte gemeinsam mit Martin Scorsese, Abbas Kiarostami, Tilda Swinton und Sharon Stone Teil der Internationalen Jury des Filmfestivals Cannes.
Er ist Mitglied der Akademie der Künste Berlin Brandenburg und der Europäischen Filmakademie.
Jan Schütte lebt mit seiner Frau Christina Szápáry und vier Kindern in Berlin.